Las certidumbres religiosas de Newton no influyeron grandemente en el desarrollo y estructura del minucioso trabajo científico de los Principia, aunque sí lo alentaron. A partir de la Ilustración se comenzó a considerar a Newton como el mas grande de los genios de la ciencia, tomando por aberrante cualquiera de sus otras facetas, con lo que sus posiciones teológicas y alquímicas se olvidaron. Gran parte de este olvido lo motivó la reserva del sabio sobre sus opiniones, haberlo comentado libremente hubiera significado su expulsión segura de las instituciones académicas y posiblemente perjuicios mayores.
Existe en los últimos tiempos, de redescubrimiento de la personalidad oculta de Newton, una tendencia a explicar su compulsivo ansia de conocer culpando de ello a ser hijo póstumo. Su padre murió meses antes de su nacimiento y en su niñez se vio obligado a llamar padre a un odiado padrastro. La búsqueda del padre, divino en este caso, quién sabe si impulsó su interés por las antiguas cronologías, la alquímia, el mundo natural y su amor por la verdad, donde quiera que esta se encontrara.
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